Добрый день. Совершенно точно его можно использовать при погашении ипотеки. Если средства маткапитала в качестве первоначального взноса учитываются только номинально, то можно использовать. Если... действительно идут на покупку, то нельзя. Подробнее подскажет Ваш банк.

Анна, очевидно, что автор не это имел в виду, но даже если квартира в залоге, то покупатель заявляет маткап в качестве первоначального взноса в рамках своего одобренного кредита и покупает квартиру из под залога кредитными средствами банка, а потом банк делает запрос в ПФР для частичного досрочного погашения кредита на сумму субсидии. Если банк поленится отправить этот запрос в ПФР, что мы наблюдаем на практике, хотя данное действие входит в прямую обязанность банка, то заявление в ПФР пишет владелец сертификата, предоставляет выписку со счёта с остатком ипотечного долга, другие сопутствующие документы и ПФР перечисляет средства сертификата на специальный счёт в банке, после чего списывается долг на эту сумму, меняется график платежей.

Вы хотите приобрести квартиру просто в ипотеку или она уже под обременением?

Если при покупке будут использованы ипотечные средства в качестве первоначального взноса или на иной жилищный займ, на погашение ипотеки, тогда можно не дожидаться трех лет и никакого отказа со стороны ПФР быть не может.

"можно ли использовать средства материнского капитала как часть первоначального взноса при покупке квартиры находящейся в ипотеке" - да, можно;
"Либо можно ли использовать его при погашении остатка по ипотеке" - также можно;
"если да нужно ли ждать достижения ребенком возраста трёх лет" - нет, можно попробовать подать соответствующее заявление в пфр. но надо иметь в виду что может быть и отказ.