Здравствуйте. Продажа по долям через разные ДКП возможна только через нотариуса, а это тоже расходы. Применим имущественный вычет в один млн по каждой доле. Но исключатся покупатели-ипотечники, им можно продать объект по ДКП квартиры.
Налог считается от суммы в ДКП, либо от суммы равной 70%КС, в зависимости от того, какая сумма больше.
Если приобретать в одном налоговом периоде другую квартиру, возможно воспользоваться покупным вычетом (2млн), за счет этого оптимизировать НДФЛ при продаже.

Мария, необходимо в налоговой декларации заявить стандартный имущественный вычет на миллион, если продажа разными договорами, или затраты наследодателя, если таковые были. Если эти меры не до конца уберут возникший налог, то можете использовать взаимозачёт по имущественному вычету при приобретении имущества, НО только в том случае, если право на какую-либо квартиру зарегистрировано ранее или в том же налоговом периоде, когда продали свои доли (речь только о купленной квартире, по безвозмездной сделке не в счёт) и этот вид вычета ранее не был Вами израсходован или израсходован, но не до конца.

Спасибо за ответ!

Добрый день! Учитывая, что у вас с сестрой квартира в собственности менее 3 лет после дарения от мамы будет ндфл к уплате при продаже, в размере 13% от дохода, при этом он будет рассчитываться от цены в договоре, но не менее 70% от кадастровой стоимости. Если будете продавать отдельными договорами, то у Вас будет нотариальная форма сделка (там тоже расходы), т.к. при отчуждении доли (а не всего объекта целиком) законодатель таким образом защищает права остальных дольщиков.
Если ранее не использовали имущественный вычет при покупке или не использовали его целиком с 2014 г., то сможете уменьшить налог к уплате по итогам налогового периода на сумму не более 260 тыс. руб. при условии покупки квартиры дороже 2 млн. Также при продаже сможете воспользоваться вычетом 1млн.